Магазините за приложения са станали от съществено значение за инсталирането на безопасни приложения – тоест такива без вируси, зловреден софтуер и други вредни елементи – въпреки че понякога злонамерените приложения могат да се промъкнат. Apple първоначално ограничава инсталирането на приложения от Mac App Store на Mac компютри , опция, която можем да променим, за да позволим инсталирането на приложения от оторизирани разработчици извън Mac App Store или да позволим инсталирането на всяко приложение, независимо от неговия произход – най-малко препоръчителният вариант във всички случаи.
Най-новата версия на Windows 10, издадена от Microsoft, версия 15042, вече е достъпна за инсталиране от потребителите. Тази нова версия носи промяна, която много потребители може да не оценят , тъй като Microsoft усложни процеса на инсталиране на приложения извън Windows Store, подобно на Gatekeeper на Mac компютри, както е обяснено по-горе. Изглежда, че базираната в Редмънд компания иска потребителите да свикнат да използват Windows Store, вторичен и почти забравен магазин за много потребители на Windows 10.
Проблемът, с който често се сблъскваме в Windows Store, е, че много от наличните в момента приложения, бидейки универсални, предлагат много различен интерфейс от този, с който потребителите на Windows са свикнали. Този интерфейс елиминира голям брой опции. Ясен пример за тези ограничения е приложението VLC, чиято версия в Windows Store е напълно различна от версията, достъпна чрез уебсайта на разработчика.
Ясно е, че Windows, освен че насърчава използването на Windows Store , иска потребителите да се чувстват по-защитени при инсталирането на приложения, приложения, които, бидейки налични в магазина на Windows, ни дават гаранция, че не съдържат вируси, червеи, зловреден софтуер и други компютърни вредители.